A mikroszkópok két felhasználása:
Biológiai mikroszkóp: Általánosságban elmondható, hogy a mikroszkópok két kategóriába sorolhatók: sztereomikroszkópok és biológiai mikroszkópok. Különböző célok és követelmények miatt sok ág alakult ki, de az alapelvek változatlanok maradnak. A polarizációt, a fáziskontrasztot, az átvitelt és a zuhanó fényt továbbra is biológiai mikroszkópoknak minősítik.
Sztereoszkópos mikroszkóp: boncoló mikroszkóp, szilárd mikroszkóp és sztereomikroszkóp néven is ismert, ez egy mikroszkóp, amely számos felhasználású. Könnyű működtetni, nem igényel magas színvonalú mintákat, hosszú munkateljesítményű, és a megfigyelés során erőteljesen érti a három dimenziót. Megfigyelheti a fizikai tárgyakat, és megfigyelés közben néhány műveletet végezhet a mintákon. A minták szeletelését igénylő biológiai mikroszkópokkal ellentétben a szeletelés megfelelő technikákat és berendezéseket igényel. Ezért a sztereomikroszkópoknak széles körű alkalmazása van a mikroelektronikában, a precíziós műszer -összeállításban és karbantartásban, a mikrotermelésben és más területeken. Az anatómiai műveletek és a mikrosebészet (jelenleg műtéti mikroszkópokba sorolt) biológia és orvostudomány területén széles körben használt fényforrás csak hideg fényforrásokat (optikai szálakat) használhat a biológia és az orvostudomány területén; Az iparban használják a kis alkatrészek és az integrált áramkörök megfigyelésére, összeszerelésére, ellenőrzésére és egyéb munkájára.
Metallográfiai mikroszkóp: Sokan szeretik azt "aranymikroszkópként" írni. A metallográfiás mikroszkóp egy olyan mikroszkóp, amelyet kifejezetten az átlátszatlan tárgyak, például fémek és ásványok metallográfiai szerkezetének megfigyelésére használnak. Ezeket az átlátszatlan objektumokat nem lehet megfigyelni a szokásos átviteli mikroszkópban, tehát a fő különbség az, hogy az előbbi tükröződött fényt használ, míg az utóbbi az átadott fényt használja a megvilágításhoz. Egy metallográfiai mikroszkópban a megvilágítási sugár az objektív lencséből a megfigyelt objektum felülete felé irányul, amelyet az objektum felülete tükröz, majd visszatér a objektív lencsébe a képalkotás céljából. Ezt a fényvisszaverő világítási módszert széles körben is használják az integrált áramköri szilikon ostyák kimutatására.
